Vesien vaahto syntyy yleensä luonnollisista syistä. Vaahtoa pääsee muodostumaan, kun veden normaalisti voimakas pintajännitys alenee vedessä olevien pinta-aktiivisten yhdisteiden vaikutuksesta. Näitä yhdisteitä muodostuu vesiin orgaanisen aineksen hajotessa ja vesien pieneliöiden (muun muassa levät ja bakteerit) tuottamina. Vaahtoamista voimistavat veden alhainen pH eli happamuus, pehmeys ja humuspitoisuus.
Pinta-aktiivisten aineiden kertyminen ilman ja veden rajapinnalle aiheuttaa veden pintajännityksen laskun, minkä takia veteen pääsee helpommin sekoittumaan ilmaa tuulen, aaltojen tai virtauksen vaikutuksesta. Tämä synnyttää veteen kuplia, jotka kerääntyvät yhteen muodostaen vaahtoa. Vaahtoa esiintyykin usein voimakkaasti virtaavissa puroissa ja kivikkoisissa koskissa. Sitä saattaa kertyä erityisesti niiden suvantopaikkoihin sekä järvien rannoille.
Keväällä vaahtoa aiheuttavat pääasiassa siitepöly ja kasvien pudonneet kukinnot. Syksyllä ja alkutalvesta vaahdonmuodostusta lisäävät kuolleiden kasvinosien ja eläinten hajoamistuotteet. Voimakkaat sateet ja runsaat lumensulamisvedet lisäävät vesistöjen virtaamia, mikä kasvattaa todennäköisyyttä vesien kirnuuntumiselle ja vaahdon muodostumiselle. Vaahtoa esiintyykin usein sateiden jälkeen.
Luonnollinen vaahto voi tuoksua esimerkiksi sammaleiselta, kalaisalta tai maalta. Väriltään se on usein valkoista, vaaleaa tai rusehtavaa. Vaahdon väri voi kuitenkin olla muukin, sillä siihen vaikuttavat niin vesistön luontainen väri kuin vedessä sillä hetkellä oleva orgaaninen ja epäorgaaninen aines.
Runsashumuksisissa vesissä muodostuva vaahto on usein ruskeampaa kuin kirkasvetisessä vesistössä kehittynyt vaahto. Humuspitoiset suovedet myös vaahtoavat helposti.
Langmuirin kierto -ilmiö (engl. Langmuir circulation) voi aiheuttaa vaahtovanoja järviin. Ilmiö on tuulen synnyttämä. Langmuirin kierto näkyy usein pitkinä, tuulen suuntaisina, vaahtojuovina veden pinnalla. Juovat voivat vaahdon lisäksi sisältää myös pintakelluvia aineita (esimerkiksi leviä, kasvijätteitä).
Vaahdolle löytyy siis useimmiten luonnollinen selitys. Harvemmin kyse on luonnottomasta vaahdosta, jota esiintyy yleensä rajatummalla alueella päästölähteen tuntumassa. Luonnoton vaahto saattaa tuoksua kemikaalilta. Jos epäilee kemikaalipäästöä, tulee olla yhteydessä pelastuslaitokseen (112).
Mikäli vaahtoamisen ohella vesistössä havaitsee eliöiden massakuolemia, tulee ottaa yhteyttä Lupa- ja valvontavirastoon tai kunnan ympäristönsuojeluviranomaiseen.